L'organisation des fichiers sous Linux n'est pas irrévocable, mais un standard s'est construit et adopte plus ou moins la structure ci-dessous

/

/ Répertoire racine, base du système

    /bin

     Contient les commandes système utilisables en console.

    /boot

     Contient les fichiers nécessaire au démarrage du système et les paramètres pour Grub ou Lilo

    /dev

     Contient les fichiers décrivant tous les périphériques de votre machine.

    /etc

     Contient tous les fichiers de configuration du système.

    /home

     Répertoire contenant le répertoire personnel de chaque utilisateur , les fichiers confidentiels et les fichiers de configuration

    /lib

     Contient les bibliothèques partagées entre différentes applications du système gérant leur bon fonctionnement.

    /lost+found

     Les résumés de scandisk sont stockés ici

    /mnt ou /media

     Définit les points de montage. Branche les périphériques type clef usb, partitions du disque dur, CD-ROM.

    /opt

     Permet de reproduire un répertoire /usr pour installer des logiciels.

    /proc

     Répertoire virtuel contenant toutes les données variables du système et des processus.

    /root

     Répertoire de l'administrateur root. C'est le répertoire personnel de l’administrateur. 

    /tmp

     Contient les fichiers temporaires.

    /usr

     Répertoire d'installation des logiciels. 

     Il contient de nombreux autres répertoires (sous-répertoires):

        /usr/X11R6 : Tout ce qui concerne X-Window (environnement graphique).

        /usr/bin : Contient les binaires (exécutables d'applications).

        /usr/doc :Les documentations sur les applications installées.

        /usr/etc : Contient des fichiers de configurations.

        /usr/games : Répertoire d'installation de jeux.

        /usr/include : les fichiers d'en-tête pour la programmation.

        /usr/info : La doc au format GNU info.

        /usr/lib : ensemble de bibliothèques partagées utilisées par tous les programmes.

        /usr/local : contient les outils installés en dehors du contexte de la distribution.

        /usr/man : le manuel en ligne.

        /usr/sbin : Binaires d'administration système d'importance secondaire et réseaux.

        /usr/share : Des fichiers de données.

        /usr/spool : Un lien symbolique (raccourci) vers /var/spool.

        /usr/src : Codes source des logiciels installés.

        /var : Contient les logs (journaux d'activité) du système, il évolue donc souvent.

        /var/catman : Contient les pages du manuel décompressées.

        /var/lock : Contient des fichiers permettant de détecter l'utilisation des périphériques par les logiciels

        /var/log :Le journal (log) du système.

        /var/run : Des informations sur les serveurs en utilisation

        /var/spool :Les fichiers y sont déposés en attente d'être utilisés par un logiciel

        /var/tmp : La corbeille de /var